Нет, в данном случае "модифицированный" означает лишь то, что крахмал был подвергнут модификации, т.е. обработке. Эта модификация не имеет никакого отношения к генной модификации.
Модификация нужна для того, чтобы крахмал лучше усваивался в организме человека. Обычный крахмал набухает в кишечнике и вызывает закрепляющий эффект (Вы же помните рисовые кисели?), а модифицированный ведет себя более спокойно.
К сожалению, гарантировать, что модифицированный крахмал не является ГМО продуктом нельзя, так как он может быть произведен из ГМО картофеля или ГМО кукурузы.